Nell'area dove sorge l'attuale edificio si trovava una piccola chiesa, forse identificabile con quella ricordata dalle fonti con il titolo di SS. Pietro e Paolo, che già esisteva nel 1295. 

La chiesina, almeno dai primi del Trecento, doveva fungere da oratorio per la Confraternita dei disciplinati di Santa Maria (il primo documento sulla confraternita è del 1337), che gestiva anche un ospedale. 

E' questa una delle tante associazione religiose di laici che, diffuse a partire dal XIII secolo, praticavano l'autoflagellazione, condividendo in questo modo le sofferenze di Cristo. 

La confraternita è ricordata per la prima volta con il nome di Santa Maria e Santa Croce nel 1340. 

Per tutto il Quattrocento non abbiamo informazioni precise sulla chiesa, mentre notizie più dettagliate si ricavano a partire dai primi del secolo successivo. 

Nel 1509 viene ultimata una casa sopra la chiesa, e di lì a poco (1515-16), a spese della confraternita, verrà commissionata la Pala della Deposizione a Luca Signorelli. 

Un ampliamento dell'edificio si effettua nel 1556, ed a tale scopo viene comprato del terreno ed "un muro" dai vicini frati francescani. 

Nella seconda metà del secolo la chiesa doveva aver raggiunto discrete dimensioni, tanto da poter contenere comodamente la grande "mostra" d'altare in legno, opera di un intagliatore marchigiano, realizzata tra il 1611 e il 1612 per accogliere la Pala del Signorelli.

Tra il 1634 e il 1645 circa, con l'ultimo ampliamento e la definitiva ristrutturazione dell'edificio ad opera di Filippo Fracassini (nell'occasione viene anche acquistato dai frati il terreno dove sorgono la sacrestia ed il campanile), l'evoluzione della chiesa di Santa Croce può dirsi conclusa, se non per la facciata, dalle linee tardo-barocche, realizzata nel primo Settecento.

Il Museo di Santa Croce
La chiesa di Santa Croce, dopo il restauro e il ritorno ad Umbertide della "Deposizione dalla Croce", capolavoro del grande pittore cortonese Luca Signorelli, è stata trasformata in un museo che viene utilizzato anche come auditorium e sala convegni. Oltre alla deposizione si può ammirare, in una sala interna, un grande quadro del Pomarancio "Madonna col Bambino in gloria tra angeli e santi" proveniente dall'attigua chiesa di San Francesco.
Nel museo, dieci pannelli sistemati nella chiesa illustrano il percorso Signorelliano, il restauro della pala e la storia della chiesa stessa.

Per informazioni sull'orario di apertura: Tel. 075 0419239 - 075 9420147 - 075 9417099